وكانت محكمة للجنايات أصدرت حكمها على مرسي، وخمسة آخرين من قيادات جماعة الإخوان، بينهم المرشد العام للجماعة محمد بديع، في القضية يوم 16 يونيو حزيران 2015.
وعاقبت المحكمة 93 متهما غيابيا بالإعدام شنقا، بينهم الداعية يوسف القرضاوي ووزير الإعلام الأسبق صلاح عبد المقصود، وعناصر من حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني والحرس الثوري الإيراني. وقضت المحكمة بمعاقبة 20 متهما حضوريا بالسجن المؤبد.
يشار إلى أنه سبق وأن أيدت محكمة النقض حكما بالسجن المشدد لمدة 20 عاما بحق مرسي لإدانته في القضية المعروفة إعلاميا بـ"أحداث الاتحادية".
كما حوكم على مرسي بالسجن المؤبد في قضيتي تخابر، الأولي مع حركة حماس والثانية مع دولة قطر، فيما لا تزال قضية "إهانة السلطة القضائية" متداولة، والمتهم فيها مرسي وعدد من السياسيين والحقوقيين والإعلاميين.